Após as conversas deste tópico: You are not allowed to view links. Register or Login  fiz uma pequena busca por alguma solução que resolvesse o problema de os gcodes de vários programas serem mal otimizados e parecerem ter sido criados pelo Gene kelly ou Fred Astaire. 

Achei alguns links que pareciam boas promessas, mas só um funcionou a contento.
Este daqui: You are not allowed to view links. Register or Login que, de acordo com o autor, infelizmente só funciona para os gcodes criados pela ulp pcb-gcode do eagle.
Testei com alguns (poucos) gcodes de outros programas e realmente não houve melhora.

Ele também funciona para os arquivos de furos (drill), mas se tiver troca de ferramenta no arquivo original, a otimização muda para somente uma ferramenta por arquivo.

É uma suite com 5 programas, que trabalham com a função arraste e solte. 
Algumas imagens dos resultados e dicas do autor estão no link no cnczone:
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Achei um outro criado em Python, mas este não consegui fazer funcionar, nem no win, nem em linux.
Se alguém quiser tentar, o link é este:
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