Olá Rangel!

Também estou fazendo uma CNC para PCB. No meu caso é projeto final de graduação do meu curso.
Inicialmente pesquisei esta mesma opção tua, utilizar o motor de uma mini furadeira para PCI que eu tenho. Encontrei dificuldades mecânicas, pois o meu motor possui pequena folga em profundidade (no sentido longitudinal ao eixo), além do motor ser fraco para fresagens. Outro problema é aparentemente ele não suportaria a torção (momento perpendicular ao eixo) quando eu efetuasse uma fresagem. Acabei optando por uma Dremel 300, pois o custo de um spindle improvisado mais aprimorado estava chegando próximo ao preço da Dremel.
Apesar da minha opção pela aquisição de uma dremel, posso te dar umas dicas de como controlar a velocidade desse motor DC, mas vai depender muito do hardware que tu pretende utilizar.

Bom, mas vamos ao que interessa...
Eu tenho uma certa tendência à utilização de microcontroladores, pois são muito fáceis de programar. Tenho experiência com os da Microchip (PIC). Tu pode controlar a velocidade por PWM, ou simplesmente fazer o motor ligar/desligar. Como teu motor é pequeno, a parte de potência é bem fácil, inclusive tem CI pronto para este propósito.

Não sei como utilizar com a placa CNCAX, mas podemos estudar alguma maneira. Se for só ligar/desligar o spindle, acredito que seja mais tranquilo.

Um abraço!

Guilherme