Tambem gosto de criar uma partição home na instalação.
Fica fácil se precisar reinstalar tudo, aí e só formatar a raiz (/).

Caso precise guardar só as configurações do emc, copie a pasta "configs" do emc.
Caminho:
Menu Locais => Pasta Pessoal => emc => configs

Na verdade e sempre bom separar a pasta home.

faz bastante tempo que usei somente para testes o ubuntu com emc2.

e no caso quando atualizei, ele fez besteira e instalou uma versão kernel sem suporte a realtime, tiver que alterar o grub para usar o antigo.

mais isso provavelmente ja foi corrigido.

se esta funcionando bem vai atualizar porque??? a não ser que tenha alguma atualizaćão do emc que provavelmente é o programa principal nesse micro.