Olá pessoal
Primeiramente gostaria de pedir desculpas caso eu esteja agindo errado, sou novo aqui.

Sem problemas - seja bem vindo ao fórum...

Trabalho com maquetes e quero montar uma Fresa CNC de aproximadamento 100x60x20cm de área de trabalho para corte de MDF, PVC e PS.

Um tanto grande - tem certeza que este tamanho lhe atende bem?

Pergunto porque quanto maior a máquina e mais detalhado ou acurado for o resultado final desejado, mais difícil de construir e de certa forma, mais cara...

Moro em Lages Sc, é uma cidade de 170mil habitantes, mais mesmo assim é uma cidade que é muito difícil encotrar certos tipos de materiais e ferramentas (essa é a primeira restrição), a segunda restrição é o investimento que não pode ser muito alto.

Hmmm - então já temos um ponto de partida - seu bolso...

Contudo tenho conhecimento razoavel em todas as áreas necessarias para a confecção da mesmo.

Isso é ótimo - como maquetista, nada foge ao detalhe

1° Acha que devo comprar itens como fuso, motores de passo, rolamentos, Guias, etc. antes de desenhar o projeto?

De jeito nenhum - a máquina começa pela ferramenta e o que ela vai cortar e como vai cortar...
Eu sugiro que tente determinar como será a máquina - formato, modo de funcionamento etc para depois e só depois partir para determinar o que vai usarnela.

2° Quais os problemas de usa barra roscada ao invez de fuso?

Na verdade não são exatamente problermas mas sim características que trazem vantagens e desvantagens.
Barra roscada (positivo):
- é barata e é encontrada em muitos lugares
- funciona muito bem por ter passo curto, dessa forma motores relativamente pequenos pode ser usados (calma - não se anime muito)
- oferece uma acuidade no posicionamento bastante razoável

(negativos)
- por ter baixo rendimento (em torno de 20%) há perdas muito grandes no acionamento
- passo curto deixa a máquina extremamente lenta o que pode ser um entrave se espera produção.

Fusos de esferas recirculantes (positivos)
- tem alto desempenho se comparados soa fusos comuns (cerca de 90% ou mais)
- acuidade de posicionamento alta
- velocidade de deslocamento mais alta se comparado ao fuso comum

(negativos)
- é relativamente caro para aquisição
- precisa de mais manutenção que um fuso comum (mas o comum também precisa)

Há mais pontos a se considerar, mas acho que estes são bem expressivos.

Há ainda a possibilidade de se colocar um fuso intermediário entre a rosca comum e o de esferas - é o fuso de rosca trapezoidal...

3° Que força dever ter os motores de passo e que tipo comprar?

Deixe isso para depois porque o preço dos motores é o que tem o menor impacto no custo final

4° Posso definir a eletrônica depois do projeto mecanico montato?

Pode e é bem recomendável até.

5° Teriam alguma sujestão para eu começar com o pé direito?

Ler o fórum e dar uma boa estudada na seção "Projetos de Usuários" - lá encontrará MUITOS exemplos de sucesso que dão uma excelente noção do que se faz...