Acruwer, na foto que você postou o 0 volts é na linha da seta laranja?
A forma de acionamento parece ser single phase/uma por vez, certo?

o problema eu acho que não é esta oscilação, parece que a corrente nunca vai a zero, mesmo quando as bobinas estão desligadas, como você está acionando os mosfet?
já fez testes práticos? como se saiu o torque e velocidade?